Pada usia tua beliau masih sahaja mempunyai semangat menulis. Buku terakhirnya iaitu suatu antologi berjudul Jodoh diterbitkan oleh Grasindo Jakarta atas kerjasama Yayasan Adikarya Ikapi dan The Ford Foundation sebagai hadiah ulang tahun usianya genap 75 tahun; antologi ini berisi sepuluh buah cerpen yang ditulisnya sendiri tahun 1990-an, dan ada yang ditulis tahun 1950-an: Jodoh (cerpen pemenang pertama sayembara Kincir Emas Radio Nederland Wereldemroep, 1975), Cerita 3 Malam, Kisah Seorang Hero, Cina Buta, Perebutan, Kawin (cerpen pemenang majalah Femina, 1979), Kisah Seorang Pengantin, Maria, Nora, dan Ibu.

Navis telah lama mengidap komplikasi jantung, asma dan diabetes. Dua hari sebelum meninggal dunia, beliau masih meminta puterinya untuk membalas surat kepada Kongres Budaya Padang bahawa dia tidak bisa ikut sidang yang berlangsung di Bali; malah meminta dikirimkan surat balasan bersedia untuk mencetak cerpen terakhir kepada Balai Pustaka.

Beliau menghembuskan nafas terakhir pada 22 Mac 2003 disamping isteri dan anak-anak mereka serta 13 orang cucu. Jenazah beliau dikebumikan di Taman Pemakaman Umum (TPU) Tunggul Hitam, Padang; majlis pengebumian jenazah beliau dihadiri sejumlah tokoh, budayawan, seniman, pejabat, akademikus, dan masyarakat umum melayat ke rumah duka di Jalan Bengkuang Nomor 5, Padang. Di antaranya; Ketua Pengurus Pusat Muhammadiyah Ahmad Syafii Maarif, Gubernur Sumbar Zainal Bakar, mantan Menteri Agama Tarmizi Taher, dan mantan Gubernur Sumbar Hasan Basri Durin, serta penyair Rusli Marzuki Saria.